基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法

本发明公开了一种基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法，包括：获取两个生物网络的数据及序列相似性文件，节点i、节点j分别属于两个网络，考虑节点本身以及邻居节点的拓扑特征计算节点对(i,j)间的拓扑相似性得分T(i,j)，根据序列相似性文件计算序列相似性得分B(i,j)，结合T(i,j)和B(i,j)计算节点相似性得分S(i,j)；采用层次聚类算法和组合优化算法筛选种子；计算种子的邻居节点的结构相似性得分score(i,j)，根据score(i,j)扩展种子得到扩展集；构建二分图比对剩余节点对，合并得到比对集。本发明更全面地计算T(i,j)，筛选种子并扩展、合并，提高比对结果的拓扑性能且覆盖范围更广；采用层次聚类算法和组合优化算法筛选种子，提升拓扑性能的同时保证生物性能，提高效率。

《基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法》是一发明专利，专利号为 2020108383356，当前法律状态为已下证，由江南大学提出申请，发明人为陈璟;田盼盼，申请日期为2020-08-19，公开（公告）日期为2024-05-03，国际专利分类号（IPC）为 G16B 20/00 (2019.01)，高新资质：未报高企，所属技术领域包括：生物信息、蛋白互作网络比对、层次聚类、全局网络对齐、蛋白网络聚类、拓扑聚类、生物模块识别、网络同源比对、图聚类算法、蛋白互作组、生物通路挖掘、组学数据分析、子网络比对、生物特征聚类、网络匹配。该专利已下发证书，权利稳定，适合直接办理转让过户，是企业申报高企、项目招投标、质押融资的优质标的。赋翼网提供从选品、尽调、合同签订到官方著录项目变更（过户）的一站式专利转让服务，专业顾问全程协助，确保交易合规、安全、高效。专利摘要：本发明公开了一种基于层次聚类的蛋白质相互作用网络全局比对方法，包括：获取两个生物网络的数据及序列相似性文件，节点i、节点j分别属于两个网络，考虑节点本身以及邻居节点的拓扑特征计算节点对(i,j)间的拓扑相似性得分T(i,j)，根据序列相似性文件计算序列相似性得分B(i,j)，结合T(i,j)和B(i,j)计算节点相似性得分S(i,j)；采用层次聚类算法和组合优化算法筛选种子；计算种子的邻居节点的结构相似性得分score(i,j)，根据score(i,j)扩展种子得到扩展集；构建二分图比对剩余节点对，合并得到比对集。本发明更全面地计算T(i,j)，筛选种子并扩展、合并，提高比对结果的拓扑性能且覆盖范围更广；采用层次聚类算法和组合优化算法筛选种子，提升拓扑性能的同时保证生物性能，提高效率。

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