本发明提供一种下式(III)所示硫代嘧啶酮类化合物的合成方法，所述方法包括：惰性氛围中，向溶剂中加入式(I)化合物、式(II)化合物、相转移催化剂、助催化剂和碱，搅拌下再加入作为反应促进剂的添加剂，在60‑100℃下回流搅拌反应5‑12小时，反应完毕后过滤除去溶剂，用硅胶柱色谱分离，收集洗脱液并除去洗脱溶剂，得到所述式(III)化合物，。其中，R和R各自独立地为H、C‑C烷基、C‑C烷氧基或卤素取代的C‑C烷基；X为卤素；n为1‑6的整数；R为卤素、含1‑6个碳原子的酰基、含1‑6个碳原子的酰氧基、苯基、取代苯基或取代的六元杂芳基。所述方法通过碱、溶剂、催化剂和促进剂的合适选择与组合，从而产生了协同效果，可以高产率高纯度得到目的产物，避免了O‑代异构体的产生，在核苷酸类医药中间体合成领域具有十分广泛的应用潜力。